Desde la temporada 1990/91 quedan excluidos de la participación en la Copa del Rey los equipos filiales de otros clubes. Durante la 2018/19 realizó una temporada bastante buena, quedando en 3º posición. Club Atlético de Madrid, S.A.D. Club Atlético de Madrid «B»: (1991-92) Cambio tras la normativa de la RFEF respecto a equipos filiales. El 12 de mayo de 2003, fue inaugurada la Ciudad del Fútbol de Las Rozas, compuesta por el edificio sede federativo, el edificio técnico deportivo, un hotel-residencia, un pabellón polideportivo y cuatro campos de fútbol.
