En la temporada 2005-06 fichó por el Atlético de Madrid. Esta temporada supuso la despedida de Andoni Iraola, quien abandonó el club tras 12 temporadas en el primer equipo, con el que disputó 510 partidos oficiales, tercera equipacion real madrid convirtiéndose en el cuarto jugador que más partidos ha disputado en la historia del Athletic. Esta situación provocó que se estudiara el despido del entrenador, pero al no aceptar el accionista mayoritario Utz Claasen el sustituto propuesto por Lorenzo Serra Ferrer (Lluís Carreras), este dimitió.
